Voici l'histoire onne lecture^^
Plus de quatre mille ans avant l'époque où commence le jeu, le monde était approvisionné en mana (énergie vitale de toutes choses) par un arbre divin ; l'Arbre Géant de Kharlan. Le monde n'était pas idéal pour autant ; les quelques Elfes ayant quitté Derris-Kharlan, leur planète, se tenaient à l'écart des Hommes. Quant aux Demi-Elfes, ils étaient persécutés par les deux races. Un jour, pour des raisons qui restent inconnues, les deux royaumes qui se partageaient le monde entrèrent en conflit ; ce fut le début d'un véritable fléau qu'on appela la Guerre de Kharlan. La guerre ne fit pas que causer des massacres ; la magitechnologie employée sans compter par les deux royaumes pour tuer consommait tant de mana que l'Arbre Géant, source de vie, commença à dépérir.
L'une des âmes liées à l'Arbre Géant était une Demi-Elfe, Martel. Elle agonisait en même temps que l'Arbre Géant. Son frère Mithos ne le supporta pas et décida de changer le cours des choses ; malgré la discrimination dont ils étaient victimes, il décida de se lancer, avec ses deux amis Yuan (Demi-Elfe lui aussi, et fiancé de Martel) et Kratos, dans une quête pour faire cesser la Guerre de Kharlan. Mithos possédait des pouvoirs d'invocateur ; il les employa pour former des pactes avec les onze Esprits Originels dont le pouvoir s'exerçait sur le monde. Il s'agissait d'Ondine, l'esprit de l'eau, Volt, l'esprit de l'électricité, Gnome, l'esprit de la terre, Sylphe, l'esprit du vent, Efreet, l'esprit du feu, Celsius, l'esprit de la glace, Shadow, l'esprit des ténèbres, Luna et Aska, les esprits de la lumière, Maxwell, l'esprit des molécules et enfin Origin, le roi des esprits. Grâce aux immenses pouvoirs de ce dernier, il créa une épée toute-puissante, l'Epée Eternelle, et s'en servit pour séparer le monde en deux mondes parallèles, Sylvarant et Tethe'halla, les empêchant ainsi de s'opposer et se détruire. Ce fut la fin de la guerre, et Mithos devint pour tous un héros, bien que personne ne sût ce qu'il avait réellement fait.
Mais l'Arbre Géant n'était plus, et Martel était déjà morte. Mithos se révéla incapable de l'admettre. Il plaça la Graine Suprême, seul reste de l'Arbre Géant, entre les deux mondes, et la scella avec l'aide des Esprits Originels, persuadé qu'en conservant la Graine Suprême et en l'empêchant de germer, il pourrait ressusciter sa sœur. Il fit alors en sorte qu'une quantité infime de mana coule entre Sylvarant et Tethe'halla, selon des cycles de prospérité et de dénuement total, afin que la plus grande partie de mana existante conserve la Graine Suprême en vie. Il fallait également une enveloppe corporelle pour Martel, car seule son âme subsistait dans la Graine ; une âme incapable de bouger ou s'exprimer, simplement prisonnière. Mithos, désormais capable de l'impossible, instaura alors dans les deux mondes le Cruxis, Église de Martel, dont la doctrine expliquait à chaque période de dénuement que la Déesse Martel était endormie et qu'il fallait, pour la ressusciter et régénérer le monde, qu'un Élu brise quatre des sceaux posés par les Esprits Originels et offre son corps à la déesse. Ce processus inversait simplement le mouvement du flux de mana, qui passait du monde jusqu'alors prospère au monde où venait de s'accomplir le rituel de l'Elu.
Pour qu'un Élu puisse ressusciter Martel, il fallait que lui-même perde son âme, devenant ainsi une simple enveloppe charnelle, vide. C'est une forme particulière d'exsphère, les Cristaux du Cruxis, qui permettaient cette métamorphose ; les exsphères sont une sorte de parasite, qui se développent aux dépens de la vie humaine, et modifient le métabolisme de ceux qui en portent. Le premier porteur de l'exsphère la nourrit et lui permet de croître, processus qui se termine par la mort du porteur ; le deuxième, s'il a un objet nommé serti-clé qui permet de contrôler le développement de l'exsphère, verra ses capacités décuplées par l'exsphère. Quant aux exsphères appelées Cristaux du Cruxis, elles transforment le porteur en Ange, créature qui n'a rien de divin, mais qui possède des ailes et une magie très puissante. Elles peuvent également agir sur le porteur au point de le transformer en "être sans vie", possédant une intelligence mais pas le moindre sentiment, et capable de modifier sa propre apparence physique.
Mithos avait mal interprété la dernière volonté de Martel, qui disait vouloir un monde sans discrimination. Il crut bien faire en se désintéressant complètement de Tethe'halla et Sylvarant, qu'il laissa se disputer éternellement la mana, et mettre en place un projet pour créer un monde où n'existeraient que des êtres sans vie, tous uniformes, et où la discrimination serait donc impossible. Il réunit des fidèles, dont la grande majorité étaient, comme lui, des Demi-Elfes ayant persécutés, en une organisation, les Désians. Il se choisit même une nouvelle apparence et un nouveau nom qui conviendraient mieux au chef des Désians et du Cruxis ; Yggdrasill. Les Désians avaient pour mission de semer le chaos dans le monde en manque de mana, car le Cristal du Cruxis posé sur l'Elu se développerait plus rapidement si son porteur était soumis à la frayeur et aux tensions, et également de produire des exsphères en masse. Le principe de la production d'exsphères était simple : enfermer un grand nombre de prisonniers dans des fermes humaines, leur implanter des exsphères non développées (sans serti-clé, bien entendu), et les faire travailler de force pour accélérer le développement des exsphères.
Martel morte et Mithos devenu Yggdrasill, leurs compagnons choisirent des voies opposées : Kratos resta au service de son ancien camarade, élevé à la dignité de Séraphin du Cruxis, et Yuan créa secrètement une organisation ennemie du Cruxis, les Renégats, qui, s'ils ne faisaient rien contre les injustices causées par le Cruxis, mirent tout en oeuvre pour empêcher la résurrection de Martel d'avoir lieu.
C'est dans cet état de choses, à Sylvarant, que commence l'aventure.